诸葛亮作为蜀汉核心武将，其结局设定严格遵循历史事实——病逝于五丈原（今陕西宝鸡岐山县境内）。游戏通过剧情任务和战役副本还原了这一历史事件，玩家在推进蜀汉主线时会触发星陨五丈原章节，需根据诸葛亮临终前的战略部署完成撤退任务。
诸葛亮在游戏中的最后一次北伐战役设计参考了史实细节。建兴十二年（234年），他率军出斜谷道屯兵五丈原，与司马懿对峙百余日。游戏通过木牛流马运粮渭水屯田等玩法机制，让玩家体验蜀军粮草补给困境。当剧情进展至第30回合（对应历史时间八月），系统会自动触发诸葛亮病重事件，玩家需指挥姜维、杨仪执行秘不发丧任务，利用诸葛亮遗留的连弩车道具阻挡魏军追击。
游戏对五丈原的地理特征进行了高度还原。该区域被设置为秦岭北麓的黄土台原地形，南北长4公里、东西宽1.8公里的战场地图包含渭水南岸、栈道等标志性地标。玩家在定军山魂归支线中，可操控部队将诸葛亮灵柩护送回汉中，这段剧情严格参照三国志记载的亮遗命葬汉中定军山史实，途中需应对魏延与杨仪的路线分歧事件。
在武将培养系统方面，诸葛亮病逝后转化为特殊纪念武将武侯魂，其技能出师表仍可为蜀国阵容提供全体防御加成。游戏通过武侯祠建筑玩法延续诸葛亮的影响力，玩家收集七星灯碎片可解锁隐藏剧情续命天命，该设计取材于民间传说但明确标注为虚构内容，与主线历史剧情作出区分。
少年三国志在五丈原战役后加入了史料科普模块。玩家通关后可查看陈寿三国志·诸葛亮传原文节选，其中十二年春，亮悉大众由斜谷出……其年八月，亮疾病，卒于军等记载与游戏进程完全对应。这种将核心玩法与历史文本对照的设计，增强了策略体验的真实性。
