在进入二周目之前，确保已经完成一周目的所有主线剧情并击败四大天王。游戏会解锁更多高级内容，包括全国图鉴升级、冠军挑战以及隐藏神兽捕捉等。首先需要回到家中与父亲对话获取船票，随后前往研究所升级全国图鉴，这是开启二周目剧情的关键步骤。水静市的魅影摩天楼将成为重要地点，米可利会在此布置后续任务。电视节目会提示选择拉帝欧斯或拉帝亚斯的颜色，建议选择非偏好的颜色以便后续捕捉另一只。
由于对手等级和战术强度显著提升，建议优先培养高种族值或属性互补的宝可梦，例如准神兽或版本限定精灵。注意平衡队伍的攻防能力，至少配备一名高速输出手和一名耐久型盾牌。技能搭配需考虑覆盖面和实用性，优先选择高威力或附带特效的技能。道具方面，幸运蛋、王者之证等增益道具能显著提升培养效率。随时关注宝可梦的个体值和努力值分配，这对后期对战至关重要。
二周目新增了大量隐藏剧情和神兽捕捉机会。各地区的冠军基地需要逐一探索并挑战，例如茵郁市附近的希罗娜基地和流星瀑布内的小赤、小绿。神兽捕捉线包括三圣柱、三斗神以及封面神兽的不同形态，部分需要特定道具或钥匙系统解锁。特别三圣柱的捕捉涉及地底遗迹的昼夜谜题，而属性空及其进化需通过保护区任务获取全部属性碟片。及时保存进度并在捕捉前存档能避免意外情况导致神兽消失。
资源管理和收集是持续进程的重要保障。二周目开放了更多道具获取途径，如战斗树的BP兑换、GameFreak办公室的圆形护符，以及各岛屿的Z纯晶收集。每日对战NPC如森本、海岛之首哈拉能提供稳定经验值和稀有道具。秘密基地系统允许自定义训练场地，合理布置可高效刷取努力值。利用宝可梦导航器追踪特定训练家或精灵位置，能节省大量探索时间。记得定期整理背包，将常用道具设置为快捷使用。
最终挑战集中在冠军卫冕和黑色摩天楼等高难度副本。卫冕战会遭遇实力强劲的挑战者N，其队伍配置针对主流战术设计，建议准备多套应对方案。摩天楼区域10的BOSS阿戴克孙子拥有接近冠军水平的队伍，需注意其招牌精灵的强化技能。完成所有挑战后，游戏会解锁隐藏评定功能和对战设施，可专注于完善全图鉴或参与线上对战。保持耐心和战术灵活性是攻克这些终局内容的关键。
