口袋妖怪火红中完整可收集的秘传技能总共有7个，全部依靠秘传机HM01至HM07解锁，其中前5个对应关都地区主线流程，剩余2个需要通关后解锁七岛地图才能获取，是推进全地图探索、完成全部隐藏内容的核心道具。
7个秘传技能分别为居合斩、飞翔、冲浪、怪力、闪光、碎岩、攀瀑，每一项都具备地图通行专属功能，同时在对战场景中拥有基础输出能力，主线通关仅需要集齐前五项秘传技能，碎岩与攀瀑属于二周目拓展内容，缺少这两项会无法探索一之岛、四之岛的隐藏洞窟与水域区域。居合斩获取于枯叶市圣安奴号船长处，能够斩断道路树木；飞翔在16号道路小屋领取，可快速往返已到访城镇；冲浪在浅红市狩猎地带深处小屋获取，是横渡所有水域的必备技能；怪力需要将狩猎地带捡到的金假牙归还园长后兑换，用来挪动挡路巨石；闪光在2号道路关卡，登记10种宝可梦后由博士助手赠送，照亮黑暗洞穴；碎岩在一之岛温泉和老人对话领取，击碎小型岩壁；攀瀑藏在四之岛冰瀑洞窟内部，可逆流攀爬瀑布地形，每一种秘传机都对应专属道馆徽章，未拿到对应徽章则无法在地图场景触发技能效果，收集过程需要按照地图推进顺序逐步解锁，避免遗漏关键剧情道具导致卡关。
掌握全部7个秘传技能后，还能搭配多技能兼容宝可梦简化队伍配置，不少地面、水系、飞行属性宝可梦可以同时学习3至4种秘传招式，不用频繁更换队伍成员处理地形障碍，减少赶路的操作成本。部分玩家容易混淆普通技能机TM与秘传机HM，普通技能机使用一次后就会消耗，而秘传机可以无限次重复使用，宝可梦遗忘秘传技能后也能再次学习，这也是秘传技能和普通招式机最核心的区分点，在收集道具时需要分开规划背包空间，优先留存全部秘传机不随意丢弃，防止后续探索隐藏区域时缺少对应通行手段。
